O ministro Gilmar Mendes, do Supremo Tribunal Federal (STF), manifestou suas preocupações sobre a condução do julgamento que avaliou o Afastamento de Andrei Rodrigues, diretor-geral da Polícia Federal. Em um ofício enviado a Luiz Fux, Gilmar alegou a existência de um "ajuste prévio" entre Fux e o ministro André Mendonça, antes da análise do caso pela Segunda Turma. Ele também apontou que alguns ministros não foram informados previamente sobre a convocação da sessão, o que comprometeu a transparência do processo.

O ofício foi datado de 11 de setembro e se tornou público em 17 de setembro. A discussão teve início a partir de uma decisão isolada de Mendonça, que determinou o Afastamento de Andrei Rodrigues e de Leandro Almada de Castro, diretor de Inteligência da Polícia Federal. O caso foi encaminhado à Segunda Turma para que os demais integrantes deliberassem sobre a manutenção da medida.

Na sessão ocorrida em 8 de setembro, Fux e Kassio Nunes Marques decidiram acompanhar a posição de Mendonça, enquanto Gilmar Mendes solicitou vista do processo, aguardando o voto de Dias Toffoli, que ainda não havia sido apresentado. Gilmar Mendes destacou em seu ofício a discrepância nos horários, afirmando que a decisão de Afastamento de Andrei foi registrada no andamento processual às 8h43. Ele foi informado sobre a convocação da sessão apenas 22 minutos antes de seu início, o que, segundo ele, não foi suficiente para uma análise adequada do caso.

O ministro Gilmar Mendes argumentou que a forma como o processo foi conduzido infringiu princípios de colegialidade e participação dos integrantes da Segunda Turma. O Afastamento de Andrei Rodrigues gerou divisões entre os ministros, especialmente considerando o contexto de crise envolvendo investigações relacionadas ao caso Banco Master.

André Mendonça justificou seu afastamento ao questionar a autenticidade de um relatório produzido pela Polícia Federal e mencionar possíveis irregularidades em sua atuação. A Segunda Turma, ao analisar o caso, viu Fux e Nunes Marques votarem a favor da manutenção do afastamento, enquanto Gilmar Mendes optou por solicitar mais tempo para avaliar a situação.

A crise entre os ministros do STF se acentuou, especialmente após embates públicos entre Gilmar Mendes e André Mendonça em sessões recentes. Na reunião de 15 de setembro, novos desentendimentos surgiram ao se discutir questões ligadas ao caso. O ministro Flávio Dino, em meio a este contexto, pediu vista e interrompeu a análise de um assunto que poderia unir processos envolvendo os dois magistrados.